Dopo aver impostato le opzioni utente e dopo aver distribuito il browser, gli amministratori di reti intranet possono continuare a gestire queste impostazioni. Memorizzando nel server un file INS principale scaricabile a ciascun accesso, gli amministratori potranno modificare in qualsiasi momento le impostazioni relative alle opzioni dei singoli utenti. Utilizzando le procedure di accesso esistenti, gli amministratori potranno gestire e aggiornare a intervalli regolari le impostazioni utente direttamente da un server centralizzato.
Utilizzando Gestione profili di IEAK, sarα possibile amministrare i file di configurazione in modo estremamente semplice. Gestione profili consente infatti di aprire qualsiasi file .ins e di apportare modifiche alle impostazioni desiderate, quali le impostazioni del server proxy, la pagina iniziale, la barra di ricerca e le informazioni relative a LDAP (Lightweight Directory Access Protocol).
Per i sistemi che utilizzano Windows2000, Φ possibile gestire alcune impostazioni utente usando Criteri di gruppo.
Dopo l'installazione, gli amministratori potranno gestire in modo remoto tutti i certificati degli autori e dei siti consentiti, aggiungendo o rimuovendo nuovi certificati dall'apposito elenco.